我校于1976年创建了我国第一个中药制药本科专业。1998年国务院学位委员会和教育部对高校专业进行了大幅度的调整，制药工程专业正是在这种经济大背景下应运而生的新专业。我院“制药工程专业”就是由当时的“中药制药专业”发展而来的。于1998年专业目录变更时更名为“制药工程”专业，并于2007年被评为十一五省级重点专业、国家特色专业，2011年制药工程专业再次被评为十二五省级重点专业。

制药工程专业将紧密结合社会需求与区域发展，立足于学校与学院的发展规划与目标，依托我校“经管法融合-商工结合”学科专业优势，立足区域和紧密结合医药行业人才需求，培养系统掌握中药制药工程的基本理论和专业技能，毕业后能从事中药制药工程设计与生产、质量检测、新药研究开发和生产经营管理等工作的专门技术人才,来满足中药现代化发展对制药工程人才的迫切需要；培养适应国家经济建设和社会发展需要的商工结合、商科特色的创新型、技术应用型人才。